Sistem mühendisliği, basit alt sistemlerin ve ya bu alt sistemlerden oluşan karmaşık sistemlerin tasarımını, üretimini ve bakımını, zaman ve maliyet kısıtlarını da göz önünde bulundurarak, gerçekleştirmek amacını taşır. Günümüz dünyasında, karmaşık sistemler genellekle teknik, biyolojik, sosyolojik, çevresel endüstriyel, politik, finansal ve ekonomik sistemlerden en az birkaçının bir bileşkesi olarak karşımıza çıkmaktadır. Sistem mühendisliği programları, işlevsel olarak tek ve bütün bir birim olan bu karışık sistemlerin analizi için gerekli tüm temel kavram, araç ve metotları öğrenciye sunar. Farklı disiplinlerden çeşitli yöntemleri bir arada kullanabilen sistem mühendisliği programlarını en temel araçlarından bir tanesi de bilgisayarlardır. Sistem mühendisleri çok farklı alanlarda faaliyet gösteren kurumlar içinde oldukça farklı birim ve kademelerde (üretim, planlama, kontrol, yönetim gibi) görev alabilirler.