Antivirüs yazılımlarının virüsleri tespit etmekte kullandığı iki metod bulunmaktadır. İlki ve en yaygın kullanılanı, virüs imza tanımlarını kullanmaktır. Bu yöntemin mahzuru , kullanıcının virüs imza listelerinin sadece tespit edilmiş virüslere ait imzaları içermesinden ötürü yeni türeyen tehditlere karşı savunmasız kalmasıdır. İkinci method ise virüslerin genel davranışlarına odaklanarak tespiti gerçekleştiren buluşsal algoritmaları kullanmaktır. Bu method sayesinde antivirüs şirketlerinin henüz tespit edemedikleri virüslerin sisteminizde var olduklarını bulabilirsiniz.
Birçok kullanıcı virüslere ait yürütülebilir dosyalar bilgisayara indirilmesi durumunda tespiti gerçekleştirecek ve dosyaları sistemden temizleyebilecek antivirüs programları kullanmaktadır. Antivirüs yazılımları bilgisayar hafızasını (RAM ve önyükleme sektörleri), sabit ya da çıkarılabilir sürücülerin (sabit diskler ve disketler) dosyalarını inceleyerek ve virüs imzaları veritabanı ile karşılaştırarak çalışırlar. Bazı antivirüs yazılımları aynı usul ile dosyalar açılırken hatta eposta alıp gönderirken tarama yapabilmektedir. Bu uygulamaya on access tarama denilmektedir. Antivirüs yazılımı, konak programların virüsleri yayma zaafiyetlerini (açıklarını) düzeltmezler. Bunu gerçekleştirecek birkaç adım atıldı ancak bu türden antivirüs çözümlerini benimsemek konak yazılımların garantilerini geçersiz kılabilmektedir. Dolayısıyla kullanıcılar sık sık güncelleme yaparak yazılımlara ait güvenlik açıklarını yamamalıdır.
Kişi, ek olarak önemli verilerin ve hatta işletim sisteminin düzenli yedeklerini alarak virüslerin neden olacakları muhtemel zararları engelleyebilir. Yedeklerin sisteme sabit bağlanmamış, sadece okunabilir ya da erişim engelli (faklı dosya sistemleri ile formatlanmış) ortamlarda saklanması ise çok önemlidir. Bu yol ile , eğer virüs nedeniyle veri kaybı yaşanırsa en son alınmış yedek kullanılarak zarar telafi edilir. Aynı şekilde bir çalışan disk (livecd) işletim sistemi, asıl işletim sistemi kullanılamaz hale geldiğinde bilgisayarı açmak için kullanılabilir. Bir başka yöntem ise farklı işletim sistemlerine ait yedekleri farklı dosya sistemleri üzerinde saklamak. Bir virüsün tüm dosya sistemlerini etkilemesi pek mümkün değildir. Bu nedenle alınan veri yedeklerinin farklı tipte dosya sistemlerine aktarılması uygundur. Örneğin Linux , NTFS bölümlerine yazabilmek için özel yazılım kullanmak durumundadır, dolayısyla kişi bu türde yazılımı kurmaz ve yedeğin aktarılacağı NTFS bölümünü yaratmak amacıyla MS Windows kurulumu gerçekleştirir ise , Linux yedeği virüslerinden korunmuş olacaktır. Benzer şekilde, MS Windows Ext3 dosya sistemini okuyamaz ve dolayısıyla Linux kurulumu ile elde edilecek bir Ext3 bölümüne yedeklerin aktarılması yedeği tehditlerden uzak kılacaktır.