Daha gelişmiş bir yöntem ise virüsü basit şifreleme yöntemleri ile saklamaktı. Bu durumda virüs, ufak bir şifre çözücü modül ile virüs kodunun şifrelenmiş bir kopyasından oluşmaktaydı. Her dosya bulaşmasında virüs faklı bir anahtar ile şifreleniyor olsa da virüsün sürekli sabit kalacak tek bölümü, virüsün son bölümüne iliştirilen çözücü modül olacaktır. Bu durumda virüs tarayıcı virüs imzalarını kullanarak virüsü tespit edemeyecektir, ama sabit olan çözücü bölüm tespit edilerek virüsü dolaylı yollar ile bulmanın imkânı vardır.
Genel olarak virüslerin uyguladıkları çözücü teknikleri basitti ve büyük çoğunlukla her byte'ı ana virüs dosyasında saklanan rastgele hale getirilmiş anahtar ve Xor takısı ile birleştirmek suretiyle elde ediliyordu. Şifreleme ve çözme düzenlerinin aynı olmasından ötürü Xor uygulmalarının kullanılması virüse ek avantaj sağlıyordu. (a XOR b = c, c XOR b = a.)